En época anterior a la conquista española la región que hoy ocupa San Julián estuvo casi deshabitada. Había sí algunos grupos indígenas que incursionaban por esta zona, pero sin establecer asentamientos de importancia. Los principales grupos indígenas que merodeaban en la región de Los Altos eran los caxcanes, tecuexes y chichimecas.
Algunos indicios de que la región haya sido habitada antes de la etapa colonial, los tenemos en El Tolimán, al oriente de San Julián. Al lado sur de este pequeño cerro existe una cueva en la que se encontraron numerosos objetos: idolillos toscos, puntas de flecha, ollas de barro, etcétera.
Esto hace pensar en la presencia, aunque sea pasajera, de alguna tribu, posiblemente los tecuexes. Otros hallazgos en la localidad de Palmitos, al sur de San Julián, indican la posible existencia de un adoratorio o lugar de culto.
Por lo anterior y por otros datos se puede concluir que a la llegada de los españoles esta zona no tenía asentamientos, ni importancia cultural de los indígenas.
El primer español que pisó estas tierras fue Pedro Almíndez Chirinos en 1530; era capitán de las huestes de Nuño de Guzmán quien lo había mandado a reconocer la región.
En la época colonial las tierras que ocupan hoy los municipios de Unión de San Antonio y San Julián pertenecieron, por más de dos siglos, a Santa María de los Lagos (hoy Lagos de Moreno). En esta demarcación existió un núcleo importante de población española establecida en haciendas, estancias y ranchos; por la distancia y otros factores tenían dificultades de comunicación con la parroquia de Lagos. Esta fue la causa principal que originó, en el año de 1808, el establecimiento de un nuevo curato en San Antonio de los Adobes (hoy Unión de San Antonio), a cuya jurisdicción se anexó parte del actual San Julián, las restantes formaban parte de la hacienda de la Presa de Jalpa, propiedad de los condes de Monterde y Antillón.
En 1808 aparece en el padrón de las comunidades que pertenecían a la nueva parroquia de San Antonio de los Adobes, la hacienda de Sánchez, ubicada al suroeste, en terrenos que pertenecieron al Capitán Pedro Ponce y posteriormente a Don Francisco Antonio Múzquiz. En estas tierras nacería posteriormente, San Julián.
En 1829 la familia Múzquiz, españoles radicados en Silao, en recuerdo del lugar de origen de sus antepasados, San Julián de Múzquiz en el Señorío de Vizcaya, dieron el nombre de San Julián a un sitio de su enorme hacienda de Sánchez, que servía de posta y paso de arrieros y diligencias que caminaban entre Guadalajara, León y Guanajuato.
Hacia 1843 la hacienda de Sánchez pertenecía a Don Lino Padilla Hurtado y su cuarta esposa Doña Josefa Márquez.
En 1846 Don Lino Padilla promueve ante el Obispado de Guadalajara la construcción de una capilla en el Puesto de San Julián para atención espiritual de la gente de su hacienda y de los alrededores así como de los viajeros que llegaban en carruajes y carretas a descansar del fatigoso camino.
El señor Obispo Don Diego Aranda y Carpinteiro accedió y concedió licencia para la construcción de la capilla, dedicándola al glorioso Patriarca Señor San José y facultó al señor Cura Miguel Dávila para colocar la primera piedra.
Así nació San Julián: como respuesta a una necesidad espiritual y a la iniciativa de Don Lino Padilla.
Pronto se inició la construcción de la capilla, propiciando el arribo de pobladores criollos y la formación de una comunidad, que en 1869 contaba con 561 habitaciones y por tal motivo fue elevado al rango de pueblo.
El 5 de noviembre de 1912 por decreto número 1502 se erigió en municipio siendo Gobernador, el ilustre escritor José López Portillo y Rojas.
Durante la Revolución, San Julián estuvo en manos de villistas y carrancistas y fue el primer pueblo alteño en levantarse en armas y que más participó en la defensa religiosa en la llamada Rebelión Cristera entre los años 1926-1929.
Aquí se formó uno de los grupos más importantes de esa lucha: el Regimiento San Julián, a las órdenes del General Miguel Hernández González nacido en ésta población.
San Julián que fue centro de luchas cristeras, es una población laboriosa que crece plenamente.
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