Al establecerse las alcaldías mayores en 1533, Zumpango quedó incluido dentro de la jurisdicción de Tixtla y llegó a conformar una República de indios hasta 1786, al reestructurarse la división política de la Nueva España y constituirse partido de Tixtla.
En 1811 al crearse la provincia de Técpan, por acuerdo del Congreso de Anáhuac, Zumpango quedó incluido totalmente dentro de su jurisdicción y lo mismo sucedió en 1821, al crearse la Capitanía General del Sur, al consumarse la Independencia e instaurarse la Monarquía por Agustín de Iturbide.
En 1824, al entró en vigencia la Constitución federalista, el municipio de Zumpango quedó integrado al estado de México, hasta 1836.
El río Zumpango ha tenido una influencia importante en la historia del municipio y todavía el siglo pasado tenía un gran caudal en la cañada del Zopilote. En un informe que enviaba el general Francisco O. Arce a sus superiores en 1888, les hacía saber que en tiempo de lluvias era necesario subir a la sierra por Xochipala y rodear para llegar a la localidad.
En 1908, cercó una parte de su territorio para la conformación del municipio de Leonardo Bravo y como ya se mencionó en 1987 se presentó la iniciativa del Ayuntamiento y por acuerdo del Congreso estatal, cambió su nombre de Zumpango del Río por el de Eduardo Neri.
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