El territorio que actualmente ocupa el municipio de Pénjamo tuvo como primeros pobladores a los indios Huachichiles. Después de la llegada de los españoles, este municipio fue fundado el 12 de noviembre de 1542 por virtud de la cédula expedida por Carlos V, en la que se facultó al capitán Diego Jesuchihua a realizarla.
En el año de 1815 es incendiada la población, quedando completamente destruida; los trabajos de reedificación se inician por el año de 1830. El 22 de mayo de 1857 la población adquiere el título de villa, y es elevada a la categoría de ciudad en el año de 1906 por decreto del gobernador Licenciado Joaquín Obregón González.
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