Timilpan, significa "??En la milpa o sementera de piedras"?, esto es, que está llena de piedras; se deriva de los vocablos Temilpa, que se compone, de Tetl, "??piedra"?; milli, "??sementera"?; y pa, "??en"? o "??sobre"? (Robelo y Garibay)El Sr. Olaguíbel descompone la palabra en te, "??de otro"?, milli y pan, y traduce "??En la sementera ajena"?, aunque es más correcta probablemente la primera.
La provincia de Xilotepec estaba poblada por Otomíes y Mazahuas, sobre todo en la región de Tollan, y en la cabecera existía población Nahuatlaca y probablemente de esta época provenga el nombre náhuatl de Titlmepa (Timilpan) , al igual que el nombre religioso que tiene la cabecera de San Andrés.
Los resultados obtenidos por los investigadores que colaboraban con Piña Chan en las excavaciones de Huamango, arrojaron que al parecer la región fue habitada por los Toltecas de Tula y por los Otomíes, quienes casaron entre sí y formaron una alianza. De lo cual podemos decir que los primeros pobladores en el territorio municipal fueron predominantemente los Otomíes.
De acuerdo a Jiménez Moreno, el imperio Tolteca dejó de existir el año de 1168. Con su extinción la región a la cual pertenece actualmente el territorio de Timilpan, fue predominantemente Otomí y estuvo sujeta a Xilotepec, centro del poder Otomí.
Conformado dicho poderío Otomí, se divide en dos grandes épocas; la primera se refiere al establecimiento de las rutas migratorias de los Toltecas de Tollan (Tula) y de los Chichimecas que arribaron a lo que actualmente es el municipio de Jilotepec, hasta el establecimiento de los Otomíes en la región, logrando establecer un asentamiento con carácter de señorío independiente, provincia a la cual pertenecía el actual territorio de Timilpan.
Timilpan sin duda fue un pueblo de importancia para el reino, debido a la ubicación de su actual cabecera municipal, asentada a los pies de los lomajes y cerros que constituyen la sierra de San Andrés Timilpan, los cuales abarcan al pueblo en forma de Herradura dando al gran valle al norte, siendo éste en la antigüedad un gran lago, que en la actualidad comprende la laguna de Huapango y la presa de la Huaracha, que en aquellas épocas debieron haber comprendido a éste.
Con fecha del 24 de diciembre de 1591, se dió la primera donación de tierra en el pueblo de San Andrés Timilpan, ordenándose a don Luis de Velasco, alcalde mayor de la provincia de Jilotepeque (Jilotepec), por mandato del virrey Pedro de Campos, que vea y dé posesión de un sitio de estancia para ganado menor y dos caballerías de tierra que pide como primer poseedor Alfonso Pardo, en la parte que llaman Votodehe (actualmente Yondejé), entre la estancia de don Diego Pérez, junto a un arroyo, en una quebrada cerca que va de la estancia de malacota y la estancia de rincón.
La cristianización de la población en Timilpan se dió apenas terminada la conquista. Los padres franciscanos fundaron un convento en Jilotepec en el año de 1529, es decir apenas cinco años después de su llegada a México. Desde este convento partieron para visitar toda la provincia de Jilotepec, siendo éstos los que promovieron la edificación de las capillas primitivas en todos los pueblos de la región dedicándolas a santos cristianos
En año de 1593 el municipio se subordinó a las disposiciones virreinales, levantando una iglesia la cual se ubicaba en un área despoblada y muy pobre, la cual se llamaba Teopacolco. En este mismo año el cacique de Timilpan, Rafael García, recibió una extensión de tierra ubicada en este municipio, lo cual fue autorizado por el alcalde mayor de Jilotepec, Alonso de Galdo Guzmán.
El 11 de Marzo de 1824, se dicta el decreto en el cual se establece
que el partido de Huichapan por su gran extensión y población
se divide en dos territorios: Huichapan y Xilotepec; este segundo integrado
por Villa del Carbón, Chapa de Mota, Acambay, Aculco, San Andrés
Timilpan y San Juan Acajuchitlán .
Para 1889, la superficie del municipio era de 160 km2, mientras que su población ascendía a 3,035 habitantes; de los cuales 1,732 hombres y 1,303 mujeres. El terreno ocupaba un lomerío húmedo y estéril, que riegan cuatro arroyuelos, donde producían anualmente 8,000 hectolitros de maíz, 500 de trigo, 200 de cebada, 200 de arvejón y 400 de haba.
Durante la Revolución, Timilpan fue un pueblo pacífico que no tuvo participación activa en el movimiento, salvo algunos campesinos que se sumaron a los zapatistas para luchar por el ideal de "??Tierra y Libertad"?; el resto del pueblo sólo fue espectador del movimiento, aunque no dejó de ser víctima de los saqueos y atrocidades que causaban las tropas por los lugares donde pasaban.
Durante la segunda quincena del mes de diciembre de 1914, el Estado de México toma formalmente un gobernador extraído de las filas del movimiento zapatista, designado en lo particular por las fuerzas pertenecientes a la brigada del General Francisco V. Pacheco, quien va a tomar el control militar del Estado de México. Éste, junto con un grupo de su destacamento acuerdan nombrar como gobernador interino del estado al Coronel Gustavo Baz Prada.
Todos los acontecimientos a nivel estatal, pautados anteriormente afectaron al municipio de Timilpan de forma indirecta, ya que los cambios políticos, de huertistas a carrancistas y de éstos a zapatistas, modificaban el sistema político de la entidad afectando al municipio.
Al triunfar la Revolución en 1920, se comienza a fraccionar el latifundio de la hacienda de Arroyo Zarco, vendiendo porciones de mayor o menor extensión a los campesinos que deseaban comprar tierras.
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