Durante la colonia se fundó el pueblo San Felipe, el cual fue conocido en esta época como San Felipe Ixtlahuaca, San Felipe el Grande y San Felipe del Obraje. Posteriormente en la segunda mitad del siglo XIX, al cambiar la categoría de pueblo a villa también se modifica su nombre y desde entonces es conocido como San Felipe del Progreso.
Desde el siglo VII d.C. se tienen indicios de los primeros asentamientos mazahuas (cazadores de venado o los que habían como venados), llamados así por los Aztecas; los habitantes de esta región, Mazahuacan conquistados desde 1379 por Acamapichtli y Tezozómoc, fueron sojuzgados alternativamente por Tarascos y Mexicas Axayácatl en su expedición hasta Tlalchimaloyan (hoy Cd. Hidalgo, Mich.), impuso el dominio Tenochca a partir de sus conquistas en 1474 hasta 1521.
El camino México-Morelia, antes camino de los Tarascos que va Michoacán, siguió el derrotero marcado y que obligadamente hacian los viajeros expedicionarios o conquistadores Hispanos, de ida o vuelta pasaron por San Felipe México, Coyoacán, Toluca, Ixtlahuaca, Tajimaroa y Tzintzuntzan (la estancia de Tepetitlán, los pueblos de San Felipe y San Lucas y la estancia de Francisco de Hoyos, fueron los puntos comarcanos de nuestra región)Así los Españoles, Villadiego en 1522, Parrilla en 1522, Francisco de Montaño con el rey Caltzontizn, de ida y vuelta (es improbable que siguieran otro derrotero geográfico)Cristóbal de Olid. En 1529 el Oidor Nuño de Guzmán y en 1534 el propio Hernán Cortes. Mercedes de tierras, Caballerías, estancias, ventas, heridos de molino y obrajes fueron otorgados a los Españoles por sus servicios prestados a la corona.
Sin embargo, debemos señalar de esta época, que en 1552 con la finalidad de mantener el abastecimiento militar y la protección de los viajeros, se funda San Felipe el Grande, junto con San Miguel El Grande, pues el conquistador Montañez, perseguía en estos lares, al Chichimeca Maxorro, acierto del investigador estadounidense Hubert Bancroft. Se otorga merced real para el establecimiento de un obraje, razón por la cual el poblado San Felipe tomaría su más conocido nombre ibero, (en un obraje se fabricaban telas, paños, lienzos, cobijas, etc).
El más notable de los conquistadores mercedados fue Don Juan de Cuevas, por el territorio que abarcaba en 1540 y por las diferentes compras que hizo a otros Españoles favorecidos en nuestro territorio como Estutempan y la Estancia de Francisco de Hoyos, el rey de España, le concedió la facultad de fundar Mayorazgos.
El padre de la patria, Miguel Hidalgo y Costilla, llegó al Estado de México, por San Felipe del Obraje. Este pueblo lo recibió cálidamente en la mañana de 27 de octubre de 1810 con repique de campanas, tedeum y la entrega de dos cañones que el libertador había mandado fundir en Guanajuato. Indudablemente que los Criollos radicados en San Felipe, engrosaron las filas insurgentes; la tradición oral y novelesca, nos hablan de Alberto Garduño. El Hércules Insurgente, que pelearía por la causa al mando de los Hermanos Rayón. A pesar de esto, San Felipe fue centro de acontecimiento de fuerzas realistas, Iturbide en octubre de 1810 Trujillo en diciembre de 1811, Calleja, que el 25 de diciembre de 1811 salió hacia Zitácuaro con 3,800 infantes e indios.
San Felipe del Obraje con su nombre hispano original fue erigido municipio el 1º de enero de 1826, por el decreto núm. 36 del Congreso Constituyente del Estado de México, del 9 de febrero de 1825, siendo Gobernador Melchor Muzquiz. Aunque dicho decreto por ser sólo un acuerdo, las memorias del Gobernador al Congreso, así clasificaban a San Felipe.
Los enfrentamientos entre conservadores y liberales sucedieron varias ocasiones en territorio municipal. El 8 de agosto de 1861, se llevó a cabo una batalla entre liberales y conservadores, que se desarrolló en la Loma de Jalpa, en ella, Don Jesús González Ortega derrotaba a los imperialistas, de ahí se fueron a Xalatlaco. El Brigadier de la división de Michoacán, el Liberal Don Manuel García Pueblita, se introdujo por San Felipe para derrotar a los conservadores guarnecidos en Ixtlahuaca.
El 1863 el Liberal, Miguel Ordárica, encargado de vigilar el camino Maravatio-Ixtlahuaca, sorprendió en San Felipe por la noche a la fuerza de los cazadores de Africa, los soldados conservadores se calentaban despreocupadamente en las fogatas del centro del pueblo, cuando fueron diezmados por una fuerza inferior. para 1865, 1866 y 67, San Felipe y la región estuvo bajo el dominio de los conservadores y el imperio de Maximiliano, aunque los liberales nunca dejaron de hostilizar en guerrillas y bandas que se refugiaban en Pueblo Nuevo y Yondecé. En agosto de 1864, la astucia de Nicolás Romero en el camino de la Jornada al puerto de Medina (sic. Médanos) antes de llegar a el oro, se impuso a los conservadores. Toscano, León Ugalde, Juan Moreno, Dionisio Fragoso y otros, con sus gavillas Juaristas, no cejaron de rondar en territorio Sanfelipense hasta conocer del fusilamiento en 1867 de Maximiliano, Miramón y Mejía. En 1882, el primer ferrocarril pasó por flor de María de Toluca hacia Morelia y para principios de siglo, había servicio de ferrocarril del Oro hasta Palizada, tocando punto como Yondecé, San Onofre, Medanos, Providencia, Covadonga, ya que nuestros bosques abastecieron de madera y carbón, a los reales de minas de Tlalpujahua y el Oro.
Siendo Presidente Municipal Don Alejo Marquina, El gobernador del Estado de México, el Gral. Juan N. Mirafuentes, mediante Decreto No. 51 expedido por la Legislatura. El 13 de octubre de 1877 y dado a conocer por el Diputado por este Distrito, Don José María Rojas, Elevó a la categoría de Villa al antes pueblo de San Felipe del Obraje. A partir de entonces, adoptó el nombre que hasta hoy ostenta VILLA DE SAN FELIPE DEL PROGRESO. En la época Porfirista y del positivismo, el lema era. Orden y Progreso, además por el auge productivo de las haciendas del municipio que hace 120 años, se adoptó el nombre que nos identifica.
Las estancias y las caballerías de tierra, se transformaron en haciendas y ranchos; San Felipe, ingresó al siglo XX entre la prosperidad productiva de sus haciendas. Tepetitlán, Providencia, Jaltepec, Flor de María, San Onofre, y muchas más. El puerto de Bermeo (hoy de Mich)Santiago Ostempan, el Tejocote y la cima (hoy de Oro)Suchi, Ayala, Mina Vieja y Palizada (hoy de Villa Victoria), sufragaron en nuestra parroquia y realizaban actividades de toda índole, el ÑIÑI, o Shañiñi, San Felipe en mazahua o pueblo grande.
En 1911, el Presidente Don Faustino Soriano y su cabildo, firmaron su adhesión al nuevo régimen antirrelecionista de Francisco I. Madero. En 1914, nuestros abuelos vieron pasar por San Felipe, una larga fila de carrancistas, que tardó día y medio en atravesar por las calles de Bravo y Juárez.
Durante la guerra Cristera, los moradores de San Felipe de acentuada fe católica, vieron cerrada su iglesia y rindieron culto en domicilios particulares, ocultaron y se preocuparon por los ministros de su religión.
A la educación se le dio un impulso relevante, con la campaña de alfabetización, que desde 1940, encabezó el Profr. Jesús Gómez Nava, recibiendo reconocimientos nacionales, del mismo Gral. Lázaro Cárdenas. En 1951, las escuelas de niños y de niñas, se fusionaron en la Escuela Primaria Superior mixta Fernando Orozco y Berra.
El 26 de enero de 1966 abrió sus puertas la Escuela Secundaria por cooperación num. 27 Lic. Juan Fernández Albarrán. En septiembre de 1975, durante la administración de Don Lauro Millán inició sus labores la Escuela Normal No. 22. El 3 de agosto de 1983 se creó legalmente, la Escuela Preparatoria Regional No. 71. Profra. María de la Luz Rodríguez.
En 1977 fue destruido el palacio municipal y el Teatro América. En 1985 el presidente Don Luis López Rojas despacho en las actuales instalaciones construidas en el trienio anterior.
En 1989, el Senador Luis Donaldo Colosio Murrieta, visitó nuestro pueblo, para reunirse con las etnias de la región. El 8 de agosto de 1990, el Lic. Carlos Salinas de Gortari, estuvo en nuestra población para poner en marcha la Semana de Solidaridad.
Del 1º de enero de 1991 al 2 de marzo de 1992, San Felipe fue gobernado por el Lic. Carlos Millán Velázquez. El 18 de noviembre de 1992, San Felipe, pierde al Lic. Jesús Yhmoff, Ilustre cronista municipal.
El 6 de enero de 1991, el Sr. José Yurrieta Valdés y el Lic. Carlos Millán Inauguran la Casa de Cultura, quedando al frente de la Dirección el Profr. Laureano Cruz Mateo.
En noviembre de 1996 y enero de 1997. El Lic. César Camacho Quiroz, Visitó nuestra municipalidad en giras de trabajo en las cuales anunció mayores impulsos económicos, para la etnia mazahua.
La preparatoria de San José del Rincón abre sus puertas debido al interés de los San Josefinos y a la directa participación del alcalde Lic. Martín Vilchis Sandoval, en septiembre de 1997.
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