El nombre de Chalchihuitán significa en náhuatl '€œLugar donde abundan los chalchihuites'€Â. En épocas anteriores a la conquista española, el municipio era ocupado por la nación Tzotzil. En 1486, las tropas aztecas al mando de Tiltototl arribaron a la región. En 1549, llegaron los frailes dominicos y le antepusieron a Chalchihuitán el nombre de San Pablo. En esa época el pueblo estaba formado por una sola parcialidad de nombre Cihualtepec. En 1605, la población de Santa Catarina Pantelhó se trasladó temporalmente a San Pablo Chalchihuitán. Los habitantes del municipio participaron activamente en las sublevaciones indígenas de 1712 y de 1869. El 13 de febrero de 1934, siendo Gobernador del Estado el coronel Victórico R. Grajales, se modificó la denominación del pueblo San Pablo Chalchihuitán por Chalchihuitán. El 23 de febrero de 1944, fue elevado a la categoría de municipio de segunda.
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