Fundada alrededor de un cenote por los habitantes de la extinta población de Xkalumkín, entre los años 1500 y 1600, Hecelchakán estaba rodeado de grandes sabanas, lo que motivó que los indígenas lo llamaran Helechakán (sabana del descanso), que al ser castellanizado se transformó en Hecelchakán.
Hecelchakán fue escenario de importantes acontecimientos políticos; en junio de 1834, en la calle principal de la población, libraron una batalla las fuerzas centralistas de don Francisco de Paula Toro y las federalistas al mando de don Felipe Montero, quien fue derrotado.
En 1840, el Partido de Hecelchakán estaba formado por las poblaciones de Pomuch, Pocboc, Tenabo, Tepakán, San Antonio Sacabchén, Dzibalché, Bécal, Nunkiní y la Villa de Calkiní.
A mediados de 1846, el Partido de Hecelchakán comprendía tres cabeceras de parroquia: Hecelchakán, Calkiní y Bécal. Â
El 7 de diciembre de 1915, al publicarse el decreto núm. 51 que aprobaba una nueva Ley de Administración Interior, Hecelchakán se convirtió en uno de los ocho municipios libres que conformaron el nuevo estado de Campeche. Esta ley empezó a regir el 1 de enero de 1916.
En 1957 recibió el título de ciudad por decreto del Lic. Alberto Trueba Urbina, en aquel entonces gobernador constitucional del estado de Campeche.
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