Las evidencias de los primeros pobladores se remontan a 700 años antes de la era cristiana. La región fue ocupada por grupos de agricultores seminómadas 200 años después de Cristo. La ciudad maya de Becan era ya la cabecera política y económica de la región.
Durante el periodo clásico de la cultura maya 322 a C. 925 d.C., la región llegó a albergar hasta 50 mil habitantes. Tras el gran colapso maya prehispánico, esta área permaneció en el olvido sin despertar mayor interés durante más de 600 años.
A la llegada de los españoles, la ausencia de metales preciosos, el aislamiento geográfico y la pobreza de los suelos provocaron desinterés por dominar estas tierras. Se integró la República de Indios, a la cual autoridades coloniales exigían la edificación de iglesias donde los sacerdotes recaudaban tributos, la región se constituyó en el principal corredor de la evangelización del norte de la península hacia Guatemala.
A finales del siglo XIX, el área fue objeto de saqueo por parte de compañías madereras norteamericanas talando cedro, caoba y palo de tinto denominado también de Campeche, así como la extracción del chicle; dando inicio a un repoblamiento y al redescubrimiento de sitios arqueológicos.
Después de 1910 se inician las primeras acciones agrarias, aceleradas en 1940 y se intensifican en 1970 con nuevos ejidos en el sur de Hopelchén y ampliaciones forestales en la región de Champotón.
La microregión de Xpujil fue instituida en 1954 cuando era zona de producción chiclera y posteriormente se hizo parte del municipio de Hopelchén. Más tarde con las políticas de colonización inicia la llegada paulatina de mexicanos de otras entidades federativas.
En 1981 el Congreso del estado en su decreto número 91, expide una nueva Ley Orgánica de los Municipios del Estado de Campeche, donde se crea la sección municipal de Xpujil, perteneciente al municipio de Hopelchén. Esta Ley se publicó en el periódico oficial del 7 de diciembre de 1981 y entró en vigor al día siguiente.
Por decreto número 244 de la IV Legislatura del H. Congreso del estado, publicado en el periódico oficial del 31 de diciembre de 1996, se crea el municipio libre de Calakmul.
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