El territorio en el que se levanta actualmente el pueblo de Yobaín 'Sobre cocodrilos', perteneció en tiempos prehispánicos a la Provincia de Ah Kin Chel. Entre los años de 1545 y 1555 los españoles fundan este pueblo estableciendo una Encomienda. En el transcurso del siglo XIX el pueblo de Yobaín pasa a formar parte de la jurisdicción de Temax hasta el año de 1918 en que se erige cabecera del municipio de su mismo nombre.
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