No se ha podido establecer la fecha de fundación del pueblo de Chikindzonot 'Cenote en el poniente', sin embargo, se ha podido comprobar que a fines del siglo XVI se encontraba establecida una Encomienda que duró hasta el final de la colonia. Declarada la independencia de Yucatán y su posterior anexión al resto de la República Mexicana (1821), el poblado de Chikindzonot pasa a formar parte del partido de Valladolid, cuya cabecera del mismo nombre se le une en la tragedia conocida como guerra de Castas, ya que ambas poblaciones son saqueadas e incendiadas por los sublevados. A raíz de lo anterior, el pueblo de Chikindzonot permaneció abandonado durante toda la segunda mitad del siglo XIX. Fue hasta principios de la centuria cuando comenzó a repoblarse esta localidad.A partir de 1957, el pueblo de Chikindzonot se erige en cabecera del municipio del mismo nombre.
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