Sobre la fundación de Bokobá 'Agua que se vadea o agita' se desconocen los datos exactos. Perteneció a la privincia de Ceh-Pech antes de la conquista y después estuvo bajo el régimen de las encomiendas, entre las que se pueden mencionar la de don Esteban Pérez Montiel con 481 indios a su cargo en 1700. La evolución de la población comienza en 1821 cuando Yucatán se independiza de la Corona Española.
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