El territorio que actualmente ocupa el municipio de Magdalena estuvo ocupado originalmente por indios pápagos y pimas altos. La cabecera municipal fue fundada a principios del siglo XVII por el alférez Juan Bautista Escalante; el misionero Eusebio Francisco Kino repobló la Misión de Santa María de Magdelena a fines del mismo siglo. Es el lugar donde murió y se encuentra sepultado este noble misionero y civilizador de Sonora. Su territorio actual comprende además lo que en épocas pasadas fue la misión y posteriormente el municipio de San Ignacio.
Magdalena fue cabecera de distrito durante la segunda mitad del siglo
XIX. Le fue otorgado el título de ciudad por decreto del 1°
de octubre de 1923.
Durante el gobierno de Luis Encinas (1961-1966) cambió su denominación
por el de Magdalena de Kino. El 6 de abril es aniversario de la toma de
la ciudad por tropas republicanas.
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