Originalmente el territorio estaba ocupado por opatas y pimas altas: en 1647 el misionero jesuita Marcos del Río, fundó la primera población española con categoría de pueblo de misión y le dio el nombre de 'Los Santos Reyes de Cucurpe'. En 1859 se le otorgó la categoría de Villa, tiene categoría municipal desde mediados del siglo pasado, adscrito al Distrito de Magdalena; fue incorporado al municipio de Magdalena en 1930 y dos años después se le rehabilitó. cuando los residentes de Cucurpe defendieron la Patria en contra de los filibusteros.
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