El territorio del municipio de Aconchi estuvo habitado en tiempos prehispánicos
por el grupo étnico de los opatas.
El pueblo de Aconchi fue fundado en el año 1639 por el misionero
jesuita Bartolomé Castaños con el nombre de misión
de San Pedro de Aconchi, perteneciente al rectorado jesuita de San Francisco
Javier y teniendo como pueblo de visita al pueblo de Nuestra Señora
de la Concepción de Baviácora.
En el siglo XIX fue primeramente administrado por un juez de paz dependiente
del Partido de Arizpe.
El 26 de noviembre de 1930, por medio de la Ley Núm. 68, fue
suprimido como municipio e incorporado al de Arizpe. Posteriormente, el
13 de mayo de 1931, fue incorporado al municipio de Baviácora. mediante
Ley Núm. 88, siendo rehabilitado por la Ley Núm. 74 del 13
de abril de 1932.
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