La fecha más antigua de su fundación se señala en el año de 1552 por el Lic. don Primo Feliciano Velázquez, y agregó que ese lugar se llamaba desde entonces San Jerónimo del Agua Hedionda. Consta documentalmente que ese lugar fue el designado para asentar allí una de las varias colonias, donde se atribuyeron las cuatrocientas familias tlaxcaltecas.
La de Venado, fue una de las cuatro poblaciones primeramente acordadas y se hizo en 1591. Entre los cuachichiles de allí, había muchos de la casta llamada de Negritos, y principales de aquella nación eran: don Juan Escanamé, don Bartolomé Chanala y don Juan Pedro así como don Francisco Tomaguí. La tierra asignada a este pueblo fue corta para sembrar y poca el agua, razón porque no mucho después se salieron algunos indios que fueron a poblar a San Jerónimo del Agua Hedionda y el Valle de San Antonio.
Las consecuencias históricas del desarrollo de aquella primitiva congregación, que no podía ser otra cosa, seguramente por ser tan reducida en población, no mereció ser '€œdoctrina'€ para los trabajos de cristianización o evangelización de los franciscanos. Lo anterior parece comprobarlo de que para el año de 1593, cuando ya había convento de frailes franciscanos en Venado, San Jerónimo del Agua Hedionda, dependía de ese convento.
En esa región comenzaron a formarse desde el siglo XVIII, las grandes haciendas que allí hubo. La principal de ellas fue la hacienda de Cruces, originalmente fue un enorme latifundio, en el que aunque la casa grande estaba en el después municipio de Moctezuma, era tan grande que llegaba hasta invadir territorio de los después municipios de Venado y Salinas.
No sólo la hacienda de Cruces, alrededor de la casa grande, se formó un poblado importante pretendiendo erigirse en Villa.
Otro centro de población de esa hacienda de Cruces, lo fue San Juan de Salinillas, ubicado en el ahora municipio de Salinas. Éste logró erigirse en cabecera municipal desde 1850 hasta 1918, en que se despobló por emigración de sus habitantes y a la fecha, es la única '€œciudad fantasma'€ en el estado de San Luis Potosí.
Ya consumada la Independencia, el Congreso Constituyente del Estado, decretó la división del estado en diez partidos, y en el artículo 9o. del decreto 46 ordenó el partido de Venado, Charcas y Hedionda.
El 17 de octubre de 1826 el Congreso Constituyente dictó la Constitución
Política del Estado de San Luis Potosí. El 8 de octubre
de 1827, cuando la Legislatura del Estado dictó el decreto No. 61
en el que ordenaron diversas disposiciones relativas a los ayuntamientos
y en el artículo 27 de esa Ley, se ordenó que el ayuntamiento
de la Hedionda estaría constituido por un alcalde, cuatro regidores
y un procurador síndico.
Por decreto del Ejecutivo dictado el 22 de enero de 1863, se ordenó
que el partido de Venado se denominara en lo sucesivo
Partido de Moctezuma, reconociendo por cabecera la ciudad de la Hedionda,
que en adelante llevará el nombre de Ciudad Moctezuma.
Según lo anterior sólo quedó vigente lo de que '€œla ciudad de la Hedionda'€ en adelante llevará el nombre de Ciudad Moctezuma, que es precisamente el nombre oficial que tiene actualmente.
Sobre esto se sabe que todo ello fue para honrar la memoria del general Esteban Moctezuma. Después de ha dicho que el título de ciudad se le dio a Moctezuma en el año de 1873.
En 1899 con asistencia del Gobernador del Estado y de altos personajes de las esferas oficiales, se llevó a cabo la inauguración de la nueva hacienda metalúrgica de la compañía minera '€œGuadalupana y Purísima'€Â, situada a inmediaciones de Moctezuma.
Una persona propuso a don Simón Moctezuma, capitalista de la Ciudad de Moctezuma la explotación de una mina de azogue, y en este negocio se instalaron varias personas. Fue entonces cuando se despertó gran entusiasmo y se comenzaron a explotar otros fundos mineros de la localidad, habiéndose descubierto otras minas; dichas minas fueron: Cinco Señores, Protectora, Bonanza, Dulces Nombres, San Antonio, Vulcano, Casualidad, Purísima, Tentación, Veta Grande, San José, Encantada y Esperanza.
Con esto la ciudad de Moctezuma se volvió en un auge extraordinario.
El 26 de septiembre de 1913, el Gobernador del Estado Gral. Francisco Romero al rendir su Informe a la Legislatura del Estado, dijo que algunas plazas estaban en el poder de los rebeldes.
En marzo de 1917 se encontraba el capitán T. Campos al mando de la guarnición de Moctezuma, cuando supo que una partida de revolucionarios que se decían '€œCarrancistas'€ o sea gente del general Carrera Torres, se encontraba en un punto llamado Salsipuedes de la jurisdicción de Moctezuma, inmediatamente salió contra ellos trabándose un combate en el que los rebeldes fueron obligados a dispersarse.
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