La cabecera municipal ha tenido diferentes categorías, como lo específica el Profesor Martín Martínez Soriano en su monografía, que señala como fecha de fundación de la comunidad el año de 1635 como Barrio de Santa Gertrudis, pasando por diferentes categorías.
Desde 1896 queda definitivamente constituido como municipio de Santa Gertrudis Cosoaltepec; en 1923 como Cosoltepec Santa Gertrudis y a partir de 1938 quedó definitivamente como Cosoltepec.
Se asegura que el poblado tiene un origen precolonial. Se sabe por tradición que en 1811 el español Saturnino Samaniego persiguió por ese rumbo al insurgente Francisco Miranda, quién se hizo fuerte en ese lugar, lo que se comprueba con la trincheras que existen en ruinas.
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