De los vestigios prehispánicos, localizados en el municipio se tiene: En Camichín de Jauja, existe una piedra en la cual están grabados dos espirales, uno gira como las manecillas del reloj y otro en sentido inverso. Además, existe un petroglifo que tiene cuatro círculos concéntricos. En el poblado de Pochotitán hay una piedra con grabados de maíz, círculos concéntricos y espirales, símbolos que representan la agricultura, soles y lunas; días y noches, remolinos y manantiales.
El primer español que arribó a estas tierras fue don Francisco de San Buenaventura en 1526, a quien se le rindieron pacíficamente los naturales; pero la conquista definitiva la logró Nuño Beltrán De Guzmán, quien en 1532 fundaría Tepic, dándole el nombre de Santiago de Compostela capital de Nueva Galicia.
El 24 de julio de 1811, Tepic es elevada al rango de ciudad con los títulos de muy noble y muy leal, confiriéndole amplias facultades al autogobierno. En 1824 Tepic quedó adherido al estado de Jalisco como su séptimo cantón. Estuvo por muchos años bajo el poder rebelde de Manuel Lozada, propiciando que el gobierno de Juárez lo declarara distrito militar.
En 1917, una vez promulgada la Constitución, el territorio de Tepic se elevó a la categoría de Estado Libre y Soberano de Nayarit, siendo Tepic su capital y asiento de los poderes constitucionales. En octubre de 1975, con carácter regional, comenzó a funcionar el Instituto Tecnológico de Tepic. En 1994 sobre el río Santiago, en los límites con el municipio de El Nayar, se inauguró la Central Hidroeléctrica de Aguamilpa.
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