Lugares como la Piedra del Diablo, La Boquilla y el Paso de la Güilota, son sitios que cuentan con piedras grabadas con una diversidad de representaciones referidas a la cacería, espirales, hombres, perros, etc.
La localidad de Los Sabinos cuenta con 13 pozos en los que se hallaron importantes reliquias históricas, en el primero de los cuales, se encontró abundante cerámica de uso culinario monocroma y esgrafiada en colores, hachas de garganta y puntas de proyectil en obsidiana. En los 12 restantes, restos humanos, algunos decapitados y depositados en vasijas de barro, otros sobre piedras lajas y con cenizas encima y otros más sobre una base de carbón y cenizas, estos últimos, se considera que fueron parte de un ritual funerario.
Además, se encontraron abundantes fragmentos de pipas, lo que hace creer que consumían tabaco traído de la costa; se recuperaron objetos de concha, un dije tipo mariposa de concha nácar, cuentas de collar, hilos, pulseras, anillos, aretes y objetos de cobre, los que, se cree, fueron realizados del periodo que va del año 700 d. C. a la conquista.
La conquista emprendida por Nuño Beltrán de Guzmán, inicia la resistencia Cora; destaca la rebelión de Tenamachtli entre los años 1549 y 1562. Los Coras resistieron diversas expediciones militares, entre ellas, la de 1592 al mando del capitán Caldera.
Al iniciarse el siglo XVIII, el gobierno virreinal se propuso conquistar los territorios de la sierra de El Nayar; en respuesta, los indígenas asaltaron en el año de 1720, poblaciones como Acaponeta, Aztlán y Sentispac. Dos años después, al mando del gobernador Juan Flores de San Pedro, tuvo lugar la incursión militar en La Mesa del Nayar, donde los Coras fueron vencidos pese a la heroica resistencia encabezada por Tlahuitole.
El alfanje del caudillo Cora y los restos mortales del rey Nayarit, fueron trasladados a la capital de la Nueva España donde, en 1723, serían quemados en presencia de la población. En este mismo año sería fundada la cabecera municipal por los misioneros jesuitas don Antonio de Arias y don Juan Flores de San Pedro, siendo designado, este último, gobernador de la provincia.Â
Por casi dos siglos, el actual municipio de El Nayar fue la subprefectura de Jesús María, dependiente de la capital del territorio de Nayarit. En el gobierno del Gral. Juventino Espinosa Sánchez, a partir de 1939, alcanzó la categoría de municipio libre.
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