Se conoce que este poblado ya existía antes de la conquista, fue fundado por tribus chichimecas que fueron de las primeras en peregrinar y se establecieron en la margen derecha del arroyo de Las Carretas.
Algunos años antes de la conquista, esta región fue invadida y gobernada por el rey de los tarascos '€œTangaxoan'€Â, para posesionarse de las codiciadas playas salitrosas de Zacoalco y Sayula que, a fines del siglo XV y principios del XVI, dieron origen a la '€œGuerra del Salitre'€Â, la cual fue ganada por el Señor de Colima y sus caciques aliados. Después el rey Colimote sojuzgó a los pueblos que ayudó cobrándoles tributo.
En 1524, pasó por aquí el capitán español Alonso de Avalos, quien había sido enviado por el conquistador Hernán Cortés a la campaña de occidente, logrando lo que otros no habían podido, dominar el sur de Jalisco. Este hecho dio lugar a la fundación de la Provincia de Avalos, en cuya jurisdicción se ubicó Tuxcueca.
Posteriormente, en 1560, se trasladó el pueblo a 2 kilómetros al poniente del sitio original para realizarse la fundación española de Tuxcueca.
En 1824, perteneció al departamento de Zacoalco, según lo dispuesto en el decreto del 27 de marzo de 1824.
Desde 1825, Tuxcueca perteneció al 4° Cantón de Sayula, pasando a pertenecer, en 1896, al 7° Cantón de Chapala.
Por muchos años fue comisaría de Tizapán el Alto, hasta que el general Ramón Corona (1837-1889), originario de Puruagua, Tuxcueca, llevó a cabo las gestiones que permitieron que este poblado fuera cabecera, convirtiéndose en municipio por decreto número 184, publicado el día 20 de abril de 1886.
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