Ocotlán fue cacicazgo perteneciente al reino o señorío de Coinan, y tenía bajo su tutela a Zula, Jamay y Joconoxtle. Lo conquistó Nuño de Guzmán el 15 de marzo de 1530 y lo evangelizaron los franciscanos en 1537.
Posteriormente los agustinos fundaron un convento y llamaron al poblado Santiago de Ocotlán. En 1540 hubo una rebelión contra los conquistadores que duró dos años.
En el primer tercio del siglo XVII, pertenecía a la alcaldía mayor de Poncitlán. En 1637 la peste llamada '€œmatlazahuatl'€ diezmó a los aborígenes.
El libro más antiguo que se encuentra en su archivo es el llamado '€œLibro Primero Mixto de Bautizos y Matrimonios'€ que contiene datos desde el 6 de mayo de 1660 hasta el 1° de abril de 1690.
Desde 1825 ya tenía Ayuntamiento, y desde esa fecha pasó a pertenecer al 3er. Cantón de La Barca.
Por decreto número 200, publicado el 5 de octubre de 1886, se suprimió el municipio de Poncitlán y todas sus comisarías se agregaron al de Ocotlán, y el 20 de febrero de 1888 el municipio de Ocotlán perdió la comisaría de Poncitlán, que volvió a ser municipalidad.
No se conoce exactamente la fecha de creación del municipio de Ocotlán, pero ya se menciona como ayuntamiento en las Estadísticas de la Provincia de Guadalajara de fecha 15 de agosto de 1823.
Por decreto número 1,160, publicado el 9 de abril de 1906, se le concedió el título de villa al pueblo de Ocotlán.
El 22 de agosto de 1963 se aprobó el decreto número 7 845 (publicado el 5 de septiembre del mismo año), en el cual se disponía que '€œpor su importancia en todos los órdenes y como estímulo al esfuerzo y a la amplia labor desarrollada por sus habitantes'€Â, se elevara a la categoría de ciudad, la villa de Ocotlán.
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