Pocos son los datos que se conocen sobre la historia de Jaltocán por la razón de la sujeción que mantuvo por muchos años a la jurisdicción de Huejutla, de la cual fue considerado como barrio de mínima categoría.
No obstante es muy probable que su territorio fuera ocupado por grupos Huastecos, toltecas, Chichimecas y mexicas, dada su cercanía con Huejutla, donde existen claros asientos de estos pueblos.
Aunque se ignora por el momento la existencia de poblados Prehispánicos en este sitio.
El profesor Raúl Guerrero Guerrero, manifiesta la existencia de dos signos de donde puede corregirse la prehispanidad de los habitantes de Jaltocán.
El primero; la lengua náhuatl que hablan sus habitantes y el segundo la práctica de la danza del volador en el barrio de Tlanepantla, pertenecientes a la cabecera municipal.
En el periodo virreinal el territorio de Jaltocán fue motivo de algunas mercedes y repartos, mas tarde en 1617 constituido ya en poblado formal, bajo la denominación de San Juan Bautista Jaltocán, un grupo de naturales, residentes en él inicia juicio de deslinde sobre su fondo legal, citándose en el pliego de demandas los pueblos de Izcatlán y Tlanchinol así como la hacienda de Tuzatlan.
A pesar de los datos anteriores, la población no figura con su nombre en la relación de Huejutla realizada por Cristóbal Pérez Puebla, en el año de 1589, ni tampoco en las crónicas de la orden agustiniana, ni tampoco en las relaciones de Villaseñor y Sánchez u otras formadas en el siglo XVIII.
A este respecto, Don Joaquín Meade en su trabajo sobre la Huasteca Hidalguense, se consigna a Jaltocán como uno de los poblados que no alcanzó durante el virreinato, desarrollo tal para poder dignificar.
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