Existen en el municipio 10 zonas arqueológicas bien diferenciadas. Existen testimonios de que los asentamientos primitivos datan del período preclásico; sin embargo del horizonte clásico se han encontrado piezas teotihuacanas y algunas de influencia tolteca. Durante el siglo XIII los chichimecas incursionaron en la Sierra de Comanja ya en la época colonial. Nuño de Guzmán y sus aliados tarascos llegaron el día 2 de febrero de 1530 al actual territorio del municipio. Llamando al lugar Nuestra Señora. La colonización agrícola y ganadera se inicia a partir del año 1546, con estancias concedidas a los españoles, quienes eran constantemente hostilizados por los chichimecas; ante esta situación, los colonizadores solicitan a las autoridades virreinales la fundación de un poblado mayor para encontrar una mejor protección.
Es así como el virrey Martín Enríquez de Almanza ordenó, el día 12 de diciembre de 1575, que en el Valle de Nuestra Señora se fundara, con el nombre de León, un asentamiento con categoría de ciudad si residieren en él cien vecinos o con categoría de villa si sólo fueren cincuenta. En cumplimiento a este mandato. Juan Bautista de Orozco funda la villa de León el día 20 de enero de 1576 realizando el trazo de la misma e instalando su primer ayuntamiento. En el año 1580 es elevada a la categoría de alcaldía mayor, asignándosele a su jurisdicción un amplio territorio, que comprendía grandes extensiones de los que hoy conforman sus municipios vecinos.
El 4 de octubre de 1810, enviado por el cura Hidalgo a insurreccionar el centro del país, entra en León el capitán José Rafael de Iriarte. En el mes de diciembre, Félix Calleja arriba con sus tropas y toma represalias contra los simpatizadores del movimiento de Independencia. Para 1817, Francisco Javier Mina ataca sin éxito las fuerzas realistas acuarteladas en el lugar. En 1821, Agustín de Iturbide ocupa la ciudad y expide una proclama para infundir confianza a los europeos.
El 25 de Abril de 1833, resiste la cuidad por primera ocación, una epidemia de cólera.
El 18 y 19 de junio, se inunda la ciudad. Las pérdias de vidas
humanas y las nefastas consecuencias económicas del suceso fueron
incalculables.
En 1914, el primero de agosto, Pascual Orozco toma la plaza con grandes
pérdidas de vidas humanas, y arrasa con el comercio y principales
industrias.
El 29 de enero de 1915, Abel Serratos, general villista, traslada la
capital del estado de Guanajuato a León, y desde esa ciudad pretende
gobernar la entidad. El 10 de mayo del mismo año, en Guanajuato,
Álvaro Obregón determina que los poderes de la entidad deben
residir en esa ciudad y desconoce a León como capital del estado.
El 2 de enero de 1946, una multitud, reunida ante la casa municipal para protestar por las elecciones que considera ilegítimas, es balaceada, muriendo un gran número de personas en la que luego se llamó la Plaza de los Mártires.
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