Otáez es el nombre que ahora se le da a la antigua misión, formada por indios xiximes, de Santa María de Otáez. Parte de su territorio se enclava en una zona de 6 kilómetros cuadrados de altas montañas y profundas depresiones, conocida como la región de '€œLas Quebradas'€Â.
En las cuevas y grietas que se forman en cada pliegue de la conformación rocosa, existen numerosos testimonios de la tribu xixime, la cual llegó a emparentar con las tribus del Valle de Anáhuac. No han sido estudiadas estas pruebas de relación y avance artístico, por lo inaccesible de los lugares donde se encuentran los trabajos rupestres. Al parecer, se trató de grupos que practicaron el canibalismo, según lo narran los cronistas de Nuño de Guzmán que visitaron la región en 1531.
A principios del siglo XVII, el padre Pedro Gravina junto con Hernando de Santarén, se internaron en el territorio de lo que hoy es el municipio y establecieron una pequeña misión, la que aparece en los relatos de la rebelión tepehuana, y evangelizaron el territorio acaxee y ixime. Más tarde, moriría Santarén en el trayecto a El Zape.
El personaje a recordar por sus servicios a la corona es el capitán Diego de Hurdaide, jefe militar de la región, que recibió el encargo de pacificar las misiones de la sierra durangueña en la conjunción de los siglos XVI y XVII.
Otáez se mantuvo alejada del conflicto por quedar lejos del foco de la insurrección, pero el peligro, siempre latente, de verse inmiscuida no disminuyó hasta que se levantó el fuerte de Montes Claros que daría auxilio a la faja occidental de la provincia.
Las invasiones de sobaibos y tarahumaras también se hicieron presentes en los siglos siguientes, hasta que el mestizaje tendió su manto conciliador, sirviendo de puente entre las dos culturas antagónicas.
En los siglos XVIII y XIX se intensificó la explotación minera de la municipalidad, incrementándose definitivamente con la aparición de compañías inglesas en Basís, producto de los convenios entre México y la Gran Bretaña. En el siglo XX existian compañías americanas y alemanas que trabajan las minas.
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