Este municipio fue territorio de antiguas civilizaciones, hacia el año 900 a.C. se registra la presencia de la cultura Olmeca. en el siglo VII (600 d.C.), se establecen el grupo indígena de los mames quienes consolidan cultural y genéticamente al pueblo, en el siglo XI (1000 d.C.) llegan los toltecas, testimonio de éstos es el poblado de Tolomita o panteón de los toltecas. para el siglo XV, en 1486 durante la época del rey Ahuizotl, los aztecas conquistan estas tierras capitaneados por el general Tiltotl.
Durante la época colonial (siglos XVI-XVIII), en 1524 pedro de Alvarado, por instrucciones del capitán español Hernán cortés, conquistó la región del soconusco, que en 1526 por cédula real pasó a formar parte de la corona española y posteriormente a partir de 1529 dependió de la audiencia de México. En 1553, como parte de la región del soconusco formó parte de la capitanía general de Guatemala, en 1563 a la jurisdicción de panamá, en 1565 volvió a depender de la audiencia de la Nueva España y, finalmente, en 1569 somos reintegrados a la capitanía general de Guatemala. En 1611 en el censo del Soconusco Pijijiapan registraba sólo 60 habitantes entre españoles y mulatos. En el siglo XVII, en 1774 formamos parte de la provincia del soconusco perteneciendo al curato Tonalá, en el mes de mayo de 1779 el gobernador del soconusco don Fernando Luis Checa, funda la primera escuela en Pijijiapan y para el 30 de mayo de 1785 se funda el mancomún del pueblo de Pijijiapan. en 1786 la gobernación del soconusco es fusionada con las alcaldías mayores de Tuxtla y ciudad real para formar la intendencia de ciudad real de Chiapas.
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