En la época Prehispánica, la región donde se ubica el municipio de Huitiupán se encontraba dividida en pequeñas provincias. Conviviendo con las comunidades tzeltales se asentaron algunas etnias de habla náhuatl, quienes dieron nombre a Huitiupán, que en dicha lengua significa: '€œLugar del templo grande'€Â. Desde épocas anteriores de la Conquista, Huitiupán fue importante productor de cacao. Las primeras noticias que se tienen, después de la llegada de los españoles, es la visita, en 1524, de Luis Marín, primer conquistador de Chiapas. El primer nombre español de la cabecera fue Asunción Huitiupán, que es identificada en 1580 como la sede de un convento franciscano, y su primer encomendero, Francisco De Oleta. Durante el siglo XIX, Huitiupán fue un importante productor de ganado, algodón y tinta de añil. Fue a finales de ese siglo cuando se introdujo el cultivo del café. El 28 de febrero de 1935, desciende a agencia municipal, restituyéndosele la antigua categoría de Municipio libre el 8 de mayo de 1935.
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