Con los navíos "San Lázaro", "Santa Agueda" y "Santo Tomás" arriba, en 1535, al actual puerto de La Paz, el conquistador Hernán Cortés y le da el nombre de bahía de Santa Cruz. Años más tarde el almirante Sebastián Vizcaíno bautiza en, 1596, como La Paz a la ciudad que hoy es la capital del estado de Baja California Sur. En 1616 los piratas holandeses, apodados "Los Pichilingues", anclan sus naves, "Gran Sol" y "Luna Llena", en una bahía cercana a La Paz que lleva actualmente su nombre.
El almirante Isidro de Atondo y Antillón toma posesión, en 1683, del puerto, y a nombre de Carlos 11 de España, lo designa como Puerto de Nuestra Señora de La Paz. En 1720 es fundada la Misión de La Paz por los padres jesuitas Juan de Ugarte y Jaime Bravo. La capital de las Californias es transferida a La Paz en 1830, siendo su jefe político el coronel Manuel Victorio.
Los comodoros Stockton, Shubreick y Jhones atacan, en 1847, el puerto de La Paz, sin encontrar resistencia. El jefe político, Francisco Palacios Miranda, es sometido por el ejército norteamericano en ese mismo año. En 1853, el filibustero Wílliam Walker, en su barco "Carolina", sorprende a la guarnición paceña, haciendo prisionero al jefe político y tomando posesión de las oficinas públicas, estableciendo lo que él mismo llama República de las dos Estrellas.
Ante las amenazas de las tropas todosanteñas del teniente coronel Manuel Márquez de León, en 1853, el invasor Walker abandona La Paz. En el año de 1912 el vicepresidente Pino Suárez visitó La Paz y ahí fue recibido con muestras de simpatía.
Con la reinstalación del Municipio Libre en 1972, en el territorio de la ciudad de La Paz, se instala la cabecera municipal del primer ayuntamiento.
En 1975 se aprueba la conversión de estado al entonces Territorio de Baja California Sur, quedando la ciudad de La Paz como cabecera municipal y al mismo tiempo como capital del estado.
A partir de la llegada de los españoles a la región que actualmente ocupa el municipio de La Paz, sus habitantes se vieron sometidos a un cambio radical, tanto en su vida política-económica, como en la social, viéndose en la necesidad de enfrentarse primeramente a los conquistadores y, posteriormente, a piratas norteamericanos y franceses. Asimismo, han luchado en contra de sus compatriotas durante los encuentros de las guerras civiles, militares, etcétera. Sin embargo, este municipio ha sabido sobrellevar estas situaciones, convirtiéndose en la actualidad en el punto principal de Baja California Sur, ya que en él se encuentra la sede de los Poderes Ejecutivo, Legislativo y Judicial, que radican en la ciudad de La Paz, capital del estado.
El desarrollo de las actividades productivas en la ciudad de La Paz refleja, de manera notable, las condiciones de la dinámica económica de la zona, en razón a la influencia económica de esta ciudad capital, en la cual las actividades ocupan un sitio preponderante como factor de suma importancia en el progreso económico de la localidad, en particular, y del estado, en general, amén de ser la puerta de entrada hacia los ancestrales vestigios de los guaycuras.
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